Anatomicamente, a endocardite infeciosa caracteriza-se por uma combinação de vegetação e lesões destrutivas:

1. Uma vegetação apresenta uma massa oscilante junto à estrutura valvular, com um movimento independente do da válvula, mas poderá também estar presente como uma massa não oscilante com localização atípica. O eco transtorácico tem uma sensibilidade de 75% no diagnóstico de vegetações, o qual pode aumentar para 85-90% se realizar uma ETE. No entanto, a sensibilidade da ETE é reduzida em válvulas protéticas e na endocardite infeciosa que afete dispositivos intracardíacos, tais como pacemakers.
2. Tipicamente, um abcesso apresenta uma zona perivalvular de densidade de ressonância reduzida, sem fluxo de cor detetado no seu interior, e poderá ser dificultado pela presença de pseudoaneurisma e fístula (Figura XX9XX). A sensibilidade da ETE no diagnóstico do abcesso é de 90%, com um valor adicional alto quando é comparada com a eco transtorácica.
3. Outras lesões destrutivas poderão incluir aneurisma, perfuração ou prolapso da válvula, bem como rutura da corda tendinosa ou, menos frequentemente, do músculo papilar. As principais consequências destas lesões são a regurgitação valvular grave e a insuficiência cardíaca. A ETE tem uma função importante na sua avaliação.